En operation for skelen kan foregå i lokal eller fuld bedøvelse og foregår hos enkelte praktiserende øjenlæger og ellers på offentlige øjenafdelinger.

Ved operationen trækker man slimhinden på øjet til side for at få adgang til øjenmusklerne, der sidder på øjet. Man laver enten øjenmusklerne længere eller kortere og kan derved rotere øjet, som man ønsker det. Der opereres typisk på en eller to øjenmuskler, og øjenkirurgen kan vælge at sætte nogle små tråde i øjet, der senere skal fjernes.

Risikoen for komplikationer if. med en skeleoperation er meget lille, da øjenmusklerne sidder ude på øjet.  En sjælden komplikation er dobbeltsyn, som typisk forsvinder af sig selv med tiden. Hos nogle mennesker kommer en skelen tilbage senere i livet, og det kan blive nødvendigt at operere igen.